MP3は音声ファイルですからね。
おっしゃる通り、ＷＭＶやＡＶＩやＭＰＥＧは動画のファイルになります。

そこまでわかってるなら後は簡単ですよ。
まず最初にお持ちのＩＰＯＤがどの動画ファイルに適応しているか調べます。
例えばＡＶＩの動画ファイルに適応していると仮定し、適応していないＭＰＥＧのファイルを入れちゃうと見れない事になります。

なのでまず何の動画ファイルが適用するのか調べ、ＹＯＵＴＵＢＥならｆｌｖファイルですのでｆｌｖ→対応ファイル　に変換すれば大丈夫です。

もし、ＩＰＯＤがCraving Explorerで変換できるＷＭＶ，ＡＶＩ，ＭＰＥＧどれも対応していないのなら、その動画ファイルを違うソフトで違う規格に変換する必要があります。